I - As nulidades previstas no art. 379º do CPP são exclusivas da sentença, isto, é da decisão final, não se aplicando aos despachos, por mais relevantes que sejam, como é o caso da decisão instrutória.
II - Vigorando no nosso ordenamento jurídico processual penal um sistema estribado no princípio da tipicidade das nulidades (cf. art. 118º, nºs 1 e 2), uma eventual omissão de pronúncia que ocorra na decisão instrutória gera uma mera irregularidade, sujeita ao regime de arguição previsto no art. 123º do CPP, uma vez que não se encontra legalmente tipificada como nulidade.
III - A regra geral em matéria de conhecimento de irregularidades é a da necessidade da sua arguição pelo interessado, ou seja, pelo titular do direito protegido pela norma violada, nos estritos prazos legais, ficando a irregularidade sanada se não for tempestivamente arguida – cfr. art. 123º, nº1, do CPP. Excecionalmente, permite-se o conhecimento oficioso e a reparação da irregularidade, no momento em que for notada, quando ela puder afetar o valor do ato praticado – cf. art. 123º, nº2, do CPP.
IV - A cognoscibilidade por iniciativa do Tribunal mostra-se adstrita aos casos em que a irregularidade contende com a violação de uma norma que não se destina, ou não se destina em primeira linha, a proteger um direito de um sujeito ou participante processual, antes exterioriza a concretização de valores e princípios estruturantes do direito penal ou processual penal e/ou constitucional, tendo então o legislador entendido que nestas situações o conhecimento sobre a sua violação, suscetível de afetar a própria realização da justiça no caso concreto, não podia ficar condicionada à eventual invocação da mesma por banda de um sujeito ou interveniente processual, permitindo ainda que esse conhecimento, se atempado, seja operado ex oficcio pelo tribunal para que seja reposta a imprescindível legalidade do ato ou atos processuais afetados.
V- No caso vertente, a irregularidade detetada, derivada de não pronúncia do tribunal a quo na motivação sobre um tipo de crime imputado aos arguidos a título de concurso aparente, após justificação de não pronúncia quanto ao crime prevalecente no concurso, contende com um princípio estruturante do nosso ordenamento jurídico processual penal, merecedor de consagração constitucional, que é o dever de fundamentação das decisões judiciais – cf. art. 97º, nº5, do CPP e art. 205º, nº1, da Constituição da República Portuguesa –, sendo por isso suscetível de conhecimento oficioso.