1. No exercício do controlo da decisão do Ministério Público, o juiz de instrução investiga autonomamente o caso submetido a instrução, resultando do nº 4 do art. 288º do Código de Processo Penal, a imposição de um dever de investigação que transcende a matéria apurada em inquérito. 2. O grau de deficiência da actuação do Ministério Público enquanto dominus do inquérito, a dimensão das suas eventuais omissões no cumprimento do poder-dever de investigar, podem condicionar a opção do assistente no modus de reacção ao arquivamento, no sentido de suscitar a intervenção hierárquica. 3. No entanto, a lei não lhe impõe a via exclusiva da intervenção hierárquica, impedindo-o de suscitar a abertura de instrução nos casos em que haja diligências de investigação a realizar, podendo o assistente pretender que o juiz da instrução leve a cabo a prática de acto ou de recolha de provas não considerados no inquérito (art. 287º, nº 2 do Código de Processo Penal). 4. Na fase da instrução requerida pelo assistente, devem praticar-se os “actos de instrução que o juiz entenda levar a cabo” (art. 289º, nº1 do Código de Processo Penal), de acordo com um princípio do acusatório mitigado por um princípio da investigação, mas também com a garantia da tutela efectiva dos direitos do ofendido. 5. E se o juiz da instrução não pode deixar de actuar dentro dos princípios constitucionais estruturantes do processo penal – da acusação e do processo equitativo –, na instrução requerida pelo assistente deve praticar os actos que, não pretendendo substituir o inquérito do Ministério Público, assegurem ainda a tutela efectiva do direito da vítima, à luz do art. 20º da Constituição da República Portuguesa. 6. Direitos esses a cujo exercício a lei não associa nenhum ónus preclusivo, caso o assistente, na sindicância do arquivamento do inquérito, tenha optado pela via, não da intervenção hierárquica (art. 278º do Código de Processo Penal), mas da instrução (art. 287º nº 1 al. b) do Código de Processo Penal). 7. Em hipóteses complexas de pluralidade de agentes, a decisão instrutória tem de tratar esgotantemente, no sentido da pronúncia ou da não pronúncia, todas as formas de autoria e de comparticipação criminosa. 8. Determinando em que medida cada uma das actuações individuais se entrecruza com as restantes, num projecto eventualmente comum, conhecido, querido ou sabido por todos (co-autoria); em que medida algum deles terá determinado, mesmo que de forma mediata, os executores à prática de factos ilícitos típicos (instigação e instigação em cadeia); em que medida a intervenção de algum deles possa ter ajudado ou favorecido a prática do facto, auxiliando os restantes (cumplicidade). 9. Ao não ter sido realizada diligência de prova, cuja importância a própria decisão de não pronúncia assume, ao justificar tal omissão numa deficiente percepção dos poderes do juiz de instrução, ao não ter tratado esgotantemente da relevância dos concretos contributos individuais de cada arguido na realização do ilícito típico, a decisão instrutória incorreu em erro de direito, assentando em pressupostos jurídicos errados e insuficientes, que a comprometeram irremediavelmente.