I - Considerando que no despacho recorrido se reconhece a existência de conexão processual, se reconhece a competência do tribunal da Relação para julgar o crime cometido pelo arguido, por ser juiz de direito, que não requereu instrução, e, por outro lado declara-se o tribunal da Relação incompetente para proceder à instrução requerida pelos restantes arguidos, sem que se pronuncie sobre a forma de tramitar estas duas fases processuais em separado, impunha-se, pois, que esclarecesse se para tal haveria separação de processos. Uma vez que o despacho, limitou-se a esclarecer o despacho de 21-01-2022, nos termos do art. 380.º, n.º 1, al. b), e n.º 3, do CPP, não se verifica qualquer modificação essencial do decidido.
II - A qualidade funcional de um dos arguidos, juiz de direito, determinou o foro próprio e a necessidade de intervenção do tribunal da Relação, nos termos dos arts. 19.º do EMJ e 12.º, n.º 3, al. a) e n.º 6, do CPP, bem como a competência deste, por conexão, quanto aos demais arguidos, por força do disposto no art. 27.º do CPP.
III - Porém, uma vez deduzida a acusação e remetidos os autos à distribuição, o Exm.º Juiz Desembargador do tribunal da Relação, no despacho sob recurso, muito embora não ponha em causa a verificação dos pressupostos processuais de conexão, aceitando a competência atribuída por via das regras legais invocadas e ainda, ao abrigo das regras contidas nos arts. 24.º e ss., do CPP, no entanto, sem declarar aberta a instrução e sem se pronunciar sobre os requerimentos de instrução que lhe foram dirigidos pelos arguidos, declarou a incompetência hierárquica do tribunal da Relação para proceder à instrução requerida nos autos, determinando a sua remessa para o competente juízo de instrução criminal. Admitiu, porém, que a competência para a apreciação e julgamento da conduta do senhor juiz em questão cabe, nos termos previstos nos arts. 19.º, n.º 2, do EMJ e arts. 5.º e 12.º, n.º 3, al. a), do CPP, à secção criminal do tribunal da Relação, tribunal de hierarquia imediatamente superior àquele em que o arguido exerceu funções.
IV - O Exm.º Juiz Desembargador fundamentou a cessação da conexão e a consequente separação do processo, na al. c) do n.º 1 do art. 30.º do CPP, porquanto no seu entender a conexão puder retardar excessivamente o julgamento do arguido E, único arguido que não requereu a abertura de instrução.
V - A competência para determinar a separação de processos cabe, na fase de instrução, ao juiz de instrução, e, na fase de julgamento, ao juiz de julgamento. O Exm.º Juiz Desembargador, por um lado, não tinha competência para fazer cessar a conexão e ordenar a separação de processos, na exata medida, que o processo ainda não se encontrava na fase de instrução, porquanto a mesma não foi declarada aberta, e por outro também não se encontra na fase de julgamento. Com efeito, a fase de instrução começa com o despacho que declara a abertura de instrução e não com o requerimento de abertura de instrução (art. 287.º, n.º 4, do CPP). No que se refere à fase de julgamento, inicia-se com o despacho a que alude os arts. 311.º e 311.º - A, do CPP.
VI - O Exm.º Juiz Desembargador não interveio em nenhuma dessas fases, pois não recebeu os requerimentos de instrução, declarando aberta a instrução, nem é o juiz de julgamento, pelo que nunca poderia o mesmo determinar a separação de processos.
VII - Por outro lado, no caso dos autos não se verifica o fundamento para a cessação da conexão e a consequente separação do processo, nos termos da al. c) do n. º 1 do art. 30.º do CPP. Para além da instrução ter um prazo relativamente curto, no caso dos autos, uma vez que não há arguidos presos ou sob obrigação de permanência na habitação, o prazo de duração máxima para tal fase facultativa é de 4 meses, de harmonia com o disposto no art. 306.º, n.º 1, do CPP.
VIII - O art. 307.º do CPP, sob a epígrafe: «Decisão Instrutória» consagra no n.º 4, o seguinte: «A circunstância de ter sido requerida apenas por um dos arguidos não prejudica o dever de o juiz retirar da instrução as consequências legalmente impostas a todos os arguidos». Não há dúvida que com a separação de processos, este benefício resulta, inexoravelmente, comprometido. Pelo que, cerceando esse crivo, o despacho recorrido introduziu um tratamento diferenciado, discriminatório e prejudicial ao arguido E. A condição de magistrado e a prerrogativa legal de gozar de foro próprio não pode redundar numa diminuição das garantias processuais penais em relação aos demais. Há uma evidente e injustificada violação das garantias constitucionais do processo penal e do princípio da igualdade. Desconsidera-se a igualdade dos cidadãos perante a lei (art. 13.º, n.º 1, da CRP) e suprime-se uma garantia de defesa (art. 32.º, n.º 1, da CRP).
IX - O despacho recorrido enferma da nulidade insanável prevista no art. 119.º, al. a), do CPP, por violação do disposto nos arts. 27.º e 31.º, al. b), do CPP, no sentido de que, nos casos de processos conexos da competência do tribunal da Relação por força da regra estabelecida no art. 27.º do CPP, a separação de processos nos termos do art. 30.º do CPP implica que tal competência do tribunal da Relação não se mantém relativamente aos arguidos do processo separado que não gozem do foro especial previsto no art. 12.º, n.º 3, al. a), do CPP, tornando-se o tribunal da Relação incompetente para conhecer do processo em relação a esses arguidos sem foro especial e passando a ser competente o tribunal de hierarquia inferior. De igual modo a interpretação dada no despacho recorrido aos arts. 27.º e 31.º, al. b), do CPP, no sentido de que, nos casos de processos conexos da competência do tribunal da Relação por força da regra estabelecida no art. 27.º do CPP, a separação de processos nos termos do art. 30.º do CPP implica que tal competência do tribunal da Relação não se mantém relativamente aos arguidos do processo separado, que não gozem do foro especial previsto no art. 12.º, n.º 3, al. a), do CPP, tornando-se o tribunal da Relação incompetente para conhecer do processo em relação a esses arguidos sem foro especial e passando a ser competente o tribunal de hierarquia inferior, é também inconstitucional, por violação do princípio do juiz natural previsto no art. 32.º, n.º 9, da CRP, no sentido interpretativo com que foram aplicadas.